龚晓东于1989年在上海复旦大学获得管理学学士学位，1993年在北京人民大学获得经济学硕士学位。在进入荷兰蒂尔堡大学(Tilburg University)攻读计量经济学博士学位之前，他一直在人民大学担任讲师。他的主要研究兴趣是个人行为的微观经济模型和先进计量经济学技术的应用，特别是在劳动力市场和消费者需求问题上的应用。

2000年9月，龚晓东加入IZA，担任研究助理。自2001年11月来到澳大利亚国立大学后，他一直以研究员的身份与IZA保持着密切的联系。现为澳大利亚堪培拉大学NATSEM副教授、首席研究员。