龚晓东于1989年在上海复旦大学获得管理学学士学位，1993年在北京人民大学获得经济学硕士学位。在荷兰蒂尔堡大学(Tilburg University)开始攻读计量经济学博士学位之前，他曾在中国人民大学担任讲师。他的主要研究兴趣是个人行为的微观经济模型，以及先进计量经济学技术的应用，特别是劳动力市场和消费者需求问题。

2000年9月，龚晓东加入IZA，担任研究助理。自2001年11月调任澳大利亚国立大学以来，他继续以研究员的身份与IZA保持密切联系。目前，晓东是堪培拉大学NATSEM的副教授和首席研究员。